马来西亚的主要门户是吉隆坡国际机场 (KLIA)，也称为吉隆坡国际机场 1 号航站楼。它位于吉隆坡以南约 40 公里处。超过 40 家国际航空公司通过吉隆坡国际机场飞往这里。 马来西亚航空是国家航空公司，也是寰宇一家航空联盟的成员，为 170 多个地区的 1,000 个目的地提供连接。 吉隆坡国际机场 2 号航站楼（以前称为 KLIA 2）距离主航站楼约 1.5 公里，是世界上最大的专用于廉航的航站楼。从 2 号航站楼运营的航空公司包括亚航和亚航 X。本国的其他国际机场位于兰卡威、槟城、柔佛州新山、亚庇和古晋。梳邦的 Skypark 航站楼或苏丹阿卜杜勒·阿齐兹·沙机场是飞萤航空，巴迪航空和私人航空公司的主要基地。 本国最大的海港是巴生港，一个主要的航运和货运码头。其他主要的海上入境关卡位于兰卡威、槟城、马六甲、柔佛、纳闽、古晋和亚庇。